Симптомы:
- выпадение сайта из поисковой выдачи по всем более-менее конкурентным запросам на последние позиции (зачастую только при поиске с rd=0). Не зависит от продвигаемых страниц, т.к. накладывается целиком на сайт.
- сайт остается в индексе, сохранение динамики индексации сайта
- отсутствие подтверждения факта наложения санкций со стороны поддержки Яндекса, формальные ответы:

Сайт ранжируется в соответствии с его релевантностью запросам пользователей, санкций или проблем с индексированием с нашей стороны нет. Продолжайте развивать сайт и наполнять его уникальным контентом, возможно, в будущем его позиции в результатах поиска изменятся.

Если Ваш сайт недавно появился в Сети или не содержит оригинального контента, его присутствие в результатах поиска может быть ограничено. Если на Вашем сайте велика доля заимствованного контента, либо многие страницы сайта похожи на созданные автоматически и не предназначенные для чтения пользователями, сайт может отсутствовать в поиске полностью. Развивайте сайт для пользователей, выкладывайте оригинальные материалы по теме сайта, и он появится в поиске.

- сайт ищется по уникальным пассажам из текста

Диагноз:
- обнуление анкор-файла для всех страниц сайта. В т.ч. внутреннее ссылочное.
- обнуление стат. веса (вИЦ) страниц. Как следствие, ссылки с сайтов либо не действуют вообще (вспомним алгоритмы борьбы с каталожными, XSS и прочими видами ссылок), либо действуют очень слабо.

Cайт ранжируется исключительно по текстовой составляющей, что в практически любой тематике не оставляет шанса на топ. Низкочастотный трафик сохраняется.

Причины:
- неуникальный контент.
- дополнительные факторы, из которых я бы обратил внимание на качество беклинков (их “спамность”).

Лечение:
- переписать контент на всех страницах сайта.
- дождаться переиндексации и снятия фильтра.
- периодически мониторить поисковую базу на факт наличия дублей.
Прим.: переиндексацию можно ускорить, удалив сайт из индекса и проиндексировав с нуля.

http://apilota.ru/index.php/topic,13.0.html

Еще о выходе из под фильтра:

Как я вышел из под фильтра:
- добавил много уникального контента заказанного на textbroker.ru
- купил порядка 200 слабых ссылок с внутрянок.
- и главное! прошло полгода примерно пока сайт не вернулся в топ-10
http://seo-for-newbie.blogspot.com/2008/08/blog-post.html

Еще почитать о фильтре “Ты последний”:

Неуникальность или “ты последний” в Яндексе?

SearchEngines.ru: Обсудим фильтр Яндекса “ты последний”